Fue fundada el 15 de noviembre de 1573 por Juan de Garay junto a un grupo de criollos ("mancebos de la tierra") venidos desde Asunción , cerca de la zona que hoy ocupa la localidad de Cayastá en las barrancas del Río Quiloazas (actualmente río San Javier). En una ceremonia solemne plantó un rollo (símbolo de autoridad del rey), de allí la ordenó en un plano de cuadrículas, que sirvió de padrón para adjudicar a los vecinos sus solares convertidos en terrenos de un cuarto de manzana para edificar sus casas.

Santa Fe sobre el Quiloazas fue parada obligada y posta en los caminos terrestres y fluviales que comunicaban el Paraguay y el Río de la Plata con Tucumán y Cuyo, Chile y al más distante Alto Perú.

El fundador abandonó la ciudad al poco tiempo, lo que desató el descontento de la población y generó el levantamiento de los mancebos conocido como la Revolución de los Siete Jefes.

La ciudad fue trasladada unos 80 km a su actual ubicación entre 1651 y 1660. Los motivos tenían que ver con el aislamiento que sufría la zona producto de las crecientes y constante erosión de sus barrancas. También el avance de nuevos grupos indígenas asolaban la región (Calchaquíes). El tiempo, el río y la tierra terminaron sepultando a Santa Fe la Vieja (así llamada históricamente).

Desde entonces, la nueva ciudad se llamó Santa Fe de la Vera Cruz, toda una réplica de la fundada por Juan de Garay con rasgos idénticos al original. Ningún vecino perdió sus derechos y sus terrenos.

En el s. XX, después de 300 anos, Agustín Zapata Gollán encontró el lugar exacto de la ciudad original (cuyo registro el Cabildo local no había mantenido oportunamente), y se fundó allí un Museo Arqueológico conmemorativo.

En la ciudad de Santa Fe tuvo lugar la primera yerra (imposición de marca al ganado) de que exista registro en toda América. Sor Josefa Díaz y Clucellas, quien desarrolló su obra en la ciudad, es considerada la primera pintora con firma del continente.

Entre las figuras políticas se recuerda a su caudillo, Brigadier Gral. Don Estanislao López, jefe de Blandengues durante la colonia, quien tuvo una fuerte participación en la época de Rosas, conocido como el "Patriarca de la Federación".

Santa Fe es la cuna de la Constitución de la Nación Argentina de 1853 y sede de la Convención reformadora de 1994.

Repasemos las frases de Charles Darwin (1809-1882), cuando el 2 de octubre de 1833 atravesó la ciudad:

"...Atravesamos Coronda; los admirables huertos que la rodean hacen de ella una de las más lindas aldeas que he podido ver jamás. A partir de este punto y hasta Santa Fe el camino deja de ser seguro. La costa oriental del Paraná deja de estar habitada a medida que se avanza hacia el norte, también los indios llevan a cabo por ella frecuentes incursiones, asesinando a todos los viajeros con quienes tropiezan. La naturaleza del país favorece singularmente, por otra parte, tales incursiones, porque allí acaba la llanura de césped y se encuentra una especie de selva de mimosas. Pasamos por delante de algunas casas que han sido saqueadas y que, después de tal saqueo, han quedado deshabitadas; contemplamos también un espectáculo que causa a mis guías la más viva satisfacción: el esqueleto de un indio suspendido de la rama de un árbol; trozos de piel seca penden aún de los huesos. Llegamos a Santa Fe al amanecer y quedo asombrado viendo qué considerable cambio de clima ha producido una diferencia de solamente 3° de latitud entre esta población y Buenos Aires. Todo lo evidencia: la manera de vestir y la tez de los habitantes, el mayor tamano de los árboles, la multitud de cactos y otras plantas nuevas, principalmente el número de aves. En una hora he podido ver media docena de éstas que jamás había visto yo en Buenos Aires. Si se tiene en consideración que no hay fronteras naturales entre las dos ciudades y que el carácter del país es casi exactamente el mismo, la diferencia es muchísimo mayor de lo que pudiera creerse". Acta de la fundación de Santa Fe.